Чтобы открыть альтернативную концовку, понадобится хорошенько обследовать все закоулки корабля USG «Ишимура». Айзек сможет найти в разных главах 12 осколков обелиска. Их нужно собрать в каюте капитана корабля и активировать. После Айзек услышит таинственный шёпот.

Далее нужно пройти игру, победив финального босса. В оригинальной концовке Айзек спасается на челноке. Инженер в последний раз смотрит запись сообщения своей жены Николь, а затем нечто нападает на героя.

Альтернативная концовка предлагает иной исход. После того, как Айзек спасается на челноке, он сходит с ума. Его разум поддаётся влиянию обелиска. Ролик показывает, что весь салон челнока исписан символами юнитологов. Сам же Айзек говорит с Николь в своей голове и обещает построить кое-что для неё — это намёк на новый обелиск.